با عرض پوزش از همه خوانندگان به دلیل اینکه اخیرا ایمیل هایی دریافت کردم مبنی بر اینکه "وبلاگم رو دیر به دیر آپدیت می کنم". انشالله از این به بعد تمام تلاشم رو میکنم که هر ماه یک مطلب جدید رو خدمتتون پست کنم. اینچنین ایمیل هایی باعث خوشحالی و احساس مسولیت ما  برای آپدیت کردن وبلاگ  می شود. مطلب زیر توسط آقای حمیدرضا امینی تهیه شده  امیدورام که مورد توجه شما واقع شود.

فایل پی دی اف مقاله را با کلیک بر روی لینک زیر دانلود کنید:

Life After GWAS/Beyond GWAS

 

براساس مطالب قبلی که در رابطه با انتقال ژن صحبت کردیم، در یک بخش اشاره کردیم که چه نگرانی­هایی در رابطه با استفاده از علم انتقال ژن وجود دارد و اشاره کردیم که پاسخ آن مربوط می­شود به مرحله دوم انتقال ژن، اینکه بتوان DNA را به طور هدفمند وارد ژنوم میزبان کرد. بر این اساس در ابتدا هدف این بود تا در این پست با تکنیک­های اتصال هدفمند DNA به داخل ژنوم نظیر ZFNs (Zinc Finger Nucleases)، TALENs (Transcription Activator Like Effector Nucleases) و CRISPR/CAS9 (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat/CRISPR Associated System 9 ) آشنا شویم.

 با این وجود به دلیل اهمیت این تکنیک­ها و از طرفی پیشرفت­های اخیری که در مطالعات پویش ژنوم ایجاد شده است، بر آن شدیم تا در ابتدا کاربرد این تکنیک­ها در زمینه انتقال ژن و ارتباط آن را با مطالعات پویش کل ژنوم و استفاده آن در اصلاح دام، در این پست توضیح و انشالله در پست­های آتی مکانیسم عمل هر یک از این تکنیک­ها را ارائه دهیم. چرا که به نظر می­رسید اشاره مستقیم به این تکنیک­ها به دلیل پیچیده بودن مکانیسم عمل و استفاده از اصطلاحات خاص در این زمینه، شاید برای خواننده چندان جذابیتی نداشته باشد.

به طور کلی، ما در ژنتیک به دنبال این هستیم که یک ژن یا ژن­های کنترل کننده صفات در کجای ژنوم قرار گرفته و هر یک چه صفت و یا صفاتی را کنترل می­کنند و جهش­های موجود در این ژن­ها و یا در مناطقی که در تنظیم بیان آن نقش دارند، چه تاثیری بر عملکرد خواهند داشت. خوشبختانه با پیشرفت­های اخیری که در مطالعات پویش کل ژنوم و با بکارگیری مارکرهای گسترده شده در کل ژنوم (SNP) ایجاد شده است، بسیاری از مناطق مرتبط با صفات به ویژه در رابطه با بحث بیماری­ها به واسطه ارتباط بین این مارکرها و صفات مورد نظر با فرض اینکه این مارکرها و جایگاه­های کنترل کننده این صفات در عدم تعادل لینکاژی (LD) قرار دارند؛ شناسایی شده ­اند.

حال با این همه پیشرفت در این زمینه در جهت شناسایی واریانت­های سببی، مرحله بعدی این مطالعات چیست و به عبارتی آنسوی مطالعات پویش کل ژنوم چه می­گذرد و زندگی بعد از مطالعات پویش کل ژنوم چگونه خواهد بود، و چگونه و با چه استراتژی­هایی می­توان مسیر تاریکی از سمت ارتباط (Association) به سمت عملکرد دقیق (Precise Function) هر ژن را روشن کرد؟

به طور کلی، استراتژی­های بعد از مطالعات پویش ژنوم شامل Fine –mapping ( استفاده از داده­های پروژه 1000 ژنوم)، استفاده از داده­های eQTL جهت تفسیر یافته­های حاصل از GWAS، توالی­یابی ژن­های کد کننده پروتئین­ها (Whole Exome Sequencing) آزمایش­های مربوط به بررسی عملکرد تحت شرایط In Vitro و استفاده از مطالعات In Vivo و با استفاده از مدل حیوانات تراریخت و با کمک مدل­های ایزوژنیک و با استفاده از تکنیک­های ZFNs،  TALENsو CRISPR/CAS9 است (در شکل 1 و 2 مراحل پس از مطالعات GWAS، به طور کامل و با جزئیات تمامی مراحل نشان داده شده است).


ادامه مطلب
نوشته شده توسط رستم عبداللهی  | لینک ثابت |

مطلب جالب زیر با عنوان "روش های استنباط هاپلوتایپ" توسط دوست عزیز مهدی مومن دانشجوی دکتری دانشگاه باهنر کرمان آماده شده است. امیدوارم که مورد توجه دوستان در رشته های ژنتیک و اصلاح نژاد قرار گیرد. دوستان دیگر هم اگر مطلبی تهیه کرده اند و فکر می کنند میتواند برای سایر دانشجویان و محقیقن کشور و فارسی زبان مفید واقع شود. مطلب را به ایمیل بنده ارسال فرمایند در صورت تایید با نام شما در پست های آینده آینده درج خواهد شد.

فایل پی دی اف مطلب

چندشکلی های تک نوکلئوتیدی یا همان SNP  ها یکی ار مهمترین عوامل تنوع در داخل یک گونه می باشند و در ژنوم انسان تقریبا در هر 100تا300باز یکبار رخ می دهند. تفاوت SNP با جهش در این است که فراوانی SNP در جمعیت بیشتر از یک درصد و فراوانی جهش کمتر از یک درصد می باشد. یکی از موضوعات مهم در ارتباط با SNPها هاپلوتایپ (Haplotype) است. هاپلوتایپ ها دسته ای از الل های مرتبط به هم (SNPs) است که بصورت یک واحد به ارث می رسند. چندین روش برای تعیین مستقیم اطلاعات هاپلوتایپ از کروموزوم وجود دارد. ولی بعلت هزینه بر بودن عمدتا برای نمونه های کوچک تا متوسط استفاده می­شوند. برای نمونه های بزرگ از روش های زیست مولکولی با کارایی بالا جهت تشخیص مکان آلل های مورد نظر برای هرفرد استفاده می­شود. این روش کم هزینه و سریع بوده ولی مهمترین محدودیت آن فقدان توانایی در تشخیص منشا کروموزومی هر آلل است. هدف نهایی از آنالیز هاپلوتایپ بررسی ارتباط ژن با صفت خاص است. یکی از مزیت های انالیز هاپلوتایپ نسبت به انالیز SNP اینست که هاپلوتایپ ها حامل اطلاعات مربوط به منشا کروموزومی بنام Phase یا فاز هستند که ژنوتیپ های SNP فاقد ان بوده و اغلب ان را مخفی می­کنند اما این امکان وجود دارد که از اطلاعات ژنوتایپ ها فاز هاپلوتایپ ها استخراج شده که به ان Haplotype Phasing or Haplotype Resolving می­گویند. بنابراین با توجه به اهمیت هاپلوتایپ ها و همچنین هزینه بر و مشکل بودن تعیین انها در آزمایشگاه ترجیح داده می­شود که در ابتدا داده های ژنوتیپی بدست اورده شود و سپس با استفاده از روش های محاسباتی و جمعیت مناسب می توان با دقت نسبتا خوبی هاپلوتایپ را از ژنوتیپ استنباط (Infer (  نمود. بطور کلی مشلات مربوط به هاپلوتایپ در چهار دسته قابل بررسی می­باشد. 1.مسئله گردآوری هاپلوتایپ ها(The haplotype assembly problems) 2. مسئله استنباط هاپلوتایپ(the haplotype inference problems) 3. مسئله قسمت بندی بلوک های هاپلوتایپ(The haplotype block partition problem) 4. مسئله انتخاب SNPهای شاخص (the haplotype tagging SNP selection problem).   در توالی یابی یه روش شاتگان تعدادی از قطعات  چند صد بازی هاپلوتایپ که همپوشانی دارند ایجاد می شوند SNPها در این توالی ها ممکن است پیوسته نباشند و در بین توالی ها ممکن است فاصله وجود داشته باشد و تعدادی از نوکلئوتیدها نامشخص باشند. هدف اصلی گرداوری هاپلوتایپ یکی کردن قطعات داری هم پوشانی و ایجاد یک هاپلوتایپ کامل است. از انجا که همه قطعات مربوط به یک فرد است به آن تعیین هاپلوتایپ منفرد هم گفته می شود. هرچند داد های واقعی بدست امده نه تنها از دو کرموزوم آمده اند بلکه دارای خطا نیز می باشند که باعث میشود مسئله گرداوری پیچیده تر شود.  در مسئله استنباط هاپلوتایپ، استنباط هاپلوتایپ از داده های ژنوتیپی است و چندین روش برای این کار وجود دارد. در مسئله قسمت بندی بلوک های هاپلوتایپ، از عدم تعادل پیوستگی (LD) که اصطلاحی برای ارتباط غیرتصادفی آلل ها در یک یا چند جایگاه در جمعیت است استفاده می شود. معیارهای مختلفی برای مشخص کردن ارتباط آماری بین آلل ها در جایگاههای مختلف پیشنهاد شده است. در مسئله SNPهای شاخص در واقع SNP های موجود در بلوک ها معمولا ارتباط قوی باهم دارند. تعداد کمی از SNP که با دفت کافی انتخاب شده اند اطلاعات کافیجهت پیش بینی بقیه SNP ها در بلوک فراهم می کنند. این SNPها را SNPهای شاخص می نامند. امروزه تخمین زده می شود که تمام 10 میلیون SNP موجود در ژنوم انسان را می توان با استفاده از 300000تا600000SNPشاخص مشخص کرد که به آن ها تگ SNP (Tag SNPs)می گویند که بسیار کمتر از کل SNP ها است.


ادامه مطلب
نوشته شده توسط رستم عبداللهی  | لینک ثابت |

کارگاه های زیر قبل از کنگره علوم دامی در دانشگاه تبریز برگزار خواهند شد علاقه مندان مبتواند برای شرکت در کارگاه مورد نظر ثبت نام کرده و مدارک مورد نیاز را به آدرس ایمیل workshop.6thcongress@gmail.com ارسال نمایند.

اطلاعات کامل کارگاه ها را از طریق لینک زیر دانلود بفرمایید

مجموعه کارگاه های علوم دامی دانشگاه تبریز

ردیف

عنوان كارگاه

1

جيره نويسي طيور

2

جيره نويسي دام

3

روش­هاي آماري درتجزيه وتحليل داده­ بااستفاده ازبرنامه ­های R, SAS, excle

4

مقاله­ نویسی بر طبق استاندارد ISI

5

تجزیه و تحلیل آماری داده­های مولکولی (مارکرهای DNA)

6

تجزیه و تحلیل آماری داده­های مولکولی (توالی DNA)

7

برآورد پارامترهای ژنتیکی با استفاده از Wombat

8

جداسازی و کشت سلول­های بنیادی اسپرماتوگونی

9

تکنیک اندازه ­گیری قابلیت هضم اسیدآمینه در طیور

10

تکنیک evated gut sac در تعیین قابلیت جذب مواد معدنی

نوشته شده توسط رستم عبداللهی  | لینک ثابت |

مدتی است که در یک کلاس برنامه نویسی به نام Julia  شرکت میکنم و بر این شدم تا خلاصه ای در باره این برنامه بنویسم.

جولیا یک زبان برنامه نویسی سطح بالا پویا، قدرتمند و جدید مشابه Matlab و R می باشد اما از نظر سرعت و انعطاف پذیری بی نظیر است. همانند R به صورت رایگان در دسترس می باشد. با این وجود برنامه ای جوان بوده  که توسعه آن از سال 2009 شروع شد و از سال 2012 به صورت مجانی در اختیار عموم قرار داده شد. هنوز صفحات راهنمای آن به طور کامل آماده نشده است. کسانی که به فکر کارهای شبیه سازی پیچیده و با حجم بالا هستند و از تکنیک هایی استفاده می کنند که نیاز به بیهنه سازی یک هدف دارند بهتر هست نیم نگاهی به این برنامه داشته باشند.

در صفحه معرفی این برنامه مقایسه ای از عملکرد Julia در مقایسه با برنامه های دیگر مانند: C، Fortran، Python، Matlab/Octave، R، JavaScript، Go و Mathematica ارائه شده است. که به صورت کلی نشان از عملکرد بهتر Julia نسبت به سایر برنامه های رایج هست.

با توجه به نیاز امروز محققان برای انجام محاسبات پیچیده و محاسبات موازی  (Parallel Computing) و محاسبه در ابرها (Cloud Computing)  جولیا برای این منظور طراحی شده است. بدون نیاز به هیچ کامپایلری به راحتی میتوان کتابخانه های Fortran  و C را در آن فراخوانی کرد.  از این نظر که نویسندگان Julia در تلاشند تمام قابلیتهای برنامه های مختلف را در یک برنامه جمع کنند و عیوب برنامه های قبلی را در این برنامه برطرف کنند به نظر می رسد این برنامه در آینده یکی از زبان های برنامه نویسی پرطرفدار شود.

برای اطلاعات بیشتر در مورد برنامه Julia و قابلیت های آن به سایت های زیر رجوع کنید:

http://julialang.org/

http://en.wikipedia.org/wiki/Julia_%28programming_language%29

http://julia.readthedocs.org/en/latest/manual/noteworthy-differences/

http://julia.readthedocs.org/en/release-0.2/manual/

نوشته شده توسط رستم عبداللهی  | لینک ثابت |

این مطلب توسط دوست عزیز حمیدرضا امینی تهیه و تدوین شده است. به دلیل اینکه شکل ها قابل پست کردن در صفحه و بلاگ نیستند، میتوانید با دانلود فایل پی دی اف اطلاعات کامل همراه با شکل ها را دریافت کنید. امیدوارم که با مجموع اطلاعات کمی و مولکولی وبلاگ و تلاش برای تنوع مطالب وبلاگ، علاقه مندان بیشتری ما را حمایت کنند و نظرات و پیشنهادات خود را در جهت بهبود محتوای وبلاگ برای ما ارسال کنند.

فایل پی دی اف مقاله
همانطوری که در یکی از پست های­ قبلی عنوان کردیم که یک پست را به روش­های افزایش بازده انتقال ژن اختصاص دهیم، لذا در این پست هدف معرفی روش­های مختلف جهت افزایش بازده انتقال ژن است. اگر به خاطر بیاوریم گفتیم انتقال ژن دارای دو مرحله اساسی است، مرحله اول، فراهم نمودن روشي است که بتوان اطلاعات ژنتيکي را از فضاي خارج سلولي و نيز غشاي پلاسمايي عبور داده و به هسته سلول (جایی که ژنوم در آن قرار دارد) رساند و مرحله دوم، آماده‌سازي شرايطي که اطلاعات ژنتيکي جديد به عنوان بخشي از ژنوم ميزبان پذيرفته شود. گفتیم در ارتباط با مرحله اول، تاکنون روش­های مختلفی برای انتقال ژن معرفی شده­اند که به روش­های انتقال از طریق اسپرم، بیضه، سلول­های بنیادی، سلول­های بلاستودرم جنینی، تزریق در پیش هسته تخمک، انتقال از طریق هسته سلول­های سوماتیک، ویروس­ها و ... اشاره کردیم. که هدف همه این روش­ها، عبور ترانس‌ژن از موانع موجود در سلول (شکل 1)، شامل غشای سلول، غشای هسته و رسانيدن آن به هسته و سرانجام قرارگرفتن آن در کروموزوم­ است (اسکوفری و همکاران، 2010).   
شکل1: موانع موجود بر سر راه ترانسژن جهت اتصال به ژنوم میزبان (به ترتیب شامل غشای سلول، نوکلئازهای موجود در سیتوپلاسم سلول، غشای هسته و ورود آن به داخل ژنوم)

حال سوال این است، که با وجود این موانع بر سر راه ترانس­ژن، آیا می­توان از DNA به تنهایی (که در تمامی مقالات به صورت naked DNA یا  nude DNAبه آن اشاره شده است) جهت ترانسفکشن سلول و ورود آن به داخل ژنوم استفاده کرد؟ در این پست هدف، پاسخ به این سوال و روش­های افزایش ترانسفکشن سلول و ورود آن به داخل ژنوم است. در ارتباط با ترانسفکشن سلول و ورود آن به داخل ژنوم با استفاده از naked DNA باید گفت، گرچه ترانسفکشن سلول به صورت naked DNA، امکان پذیر است و بستگی به نوع منشاء DNA مورد استفاده (ویروسی یا غیر ویروسی) و یا سلول مورد استفاده دارد، ولی اغلب اتصال آن به داخل ژنوم اتفاق نمی­افتد و در این حالت به اصطلاح گفته می­شود ترانس­ژن به صورت اپی­زومال وارد سلول می­شود و ترانسفکشن سلول به صورت موقت است (Transient Transfection)، بنابراین اگر در مطالعه مقالات مرتبط با انتقال ژن از هر روشی که باشد با اصطلاح اپی­زومال (Episomal) و یا Transient Transfection (شکل 2) برخورد کردیم، منظور همان وارد شدن DNA به داخل سلول است ولی اتصال و ورود آن به داخل ژنوم رخ نداده است. البته ناگفته نماند که وکتور­هایی نیز وجود دارند که به آن­ها Vector Episomal گویند، که سهوا مانع از ورود ترانس­ژن به داخل ژنوم می­شوند و جهت جلوگیری از اثرات جانبی ترانس­ژن بر سایر ژن­های دیگر موجود در ژنوم از آن­ها استفاده می­شود، ولی در این حالت هم از اصطلاح Episomal و یا Transient Transfection استفاده می­شود که توضیحات بیشتر در زمینه Episomal و یا Transient Transfection، نیازمند اختصاص دادن یک پست کامل در این مورد و روش­های مورد استفاده جهت  تائید آن در پست­های آتی دارد. در این پست هدف این است که چگونه می­توان ترانسفکشن پایدار سلول (Stable Transfection) و ورود DNA به داخل ژنوم را افزایش داد (شکل 2).

شکل 2: اصطلاحات موجود در رابطه با ترانسفکشن سلول

ادامه مطلب را از لینک ادامه مطلب دنبال کنید!  


ادامه مطلب
نوشته شده توسط رستم عبداللهی  | لینک ثابت |

در سال های اخیر انتخاب ژنومیک یکی از مباحث علمی روز ژنتیک به خصوص اصلاح نژاد دام و نباتات شده است و هر روز به میزان مطالعات انتخاب ژنومیک چه از نظر شبیه سازی و چه داده های مزرعه ای اضاف می شود. با مطالعه دو مقاله از Gostavo de los Camos et al, (2013) و Daetwyler et al. (2013)  و دو مقاله از گروه پرفسور ویشر که در مجله Nature Review Genetics منتشر شده بودند مطالب جالبی توجهم را به خودش جلب کرد و تصمیم گرفتم خلاصه ای از این یافته ها را با شما به اشتراک بگذارم.  البته در دو مقاله از گروه پرفسور Visscher مقاله ای از گروه Gostavo de los Camos را مورد نقد قرار داده بودند و در این رابطه de los Campos و Daniel Sorenson پاسخی را در دفاع از مقاله خودشان در قالب commentary در مجله Nature Review genetics اخیرا چاپ کرده‌اند. انشالله که این مطالب مورد استفاده قرار گیرند.

نکاتی که در دو جدول زیر ارائه شده اند مربوط به انتخاب ژنومیک (انتخاب به کمک ژنوم) هستند و بایستی در طی انجام اینگونه مطالعات مدنظر قرار گیرند.

جدول 1. نکاتی که در هنگام شبیه سازی و ارائه اصول کار شبیه سازی در مقاله یا گزارش مد نظر قرار بگیرد:

1 اندازه جمعیت موثر

2 طول ژنوم

3 تعداد نشانگر

4 تعداد QTL یا جایگاه صفت کمی

5 توزیع اثرات QTL، مدل شبیه سازی ارزش های ژنتیکی و مقدار وراثت پذیری

6 میزان هتروزیگوسیتی  در جمعیت دارای LD و نرخ برابری آن با مقدار مورد انتظار 

7 میزان نامتعادلی لینکاژ بین نشانگرها و مقدار تطابق با مقدار مورد انتظار

8 فرضیات شبیه سازی مانند نرخ جهش و نوترکیبی  و تعداد نسل های آمیزش تصادفی

جدول 2. نکاتی که در هنگام ارائه نتایج برای تایید و گزارش عملکرد انتخاب ژنومی باید مد نظر قرار بگیرد:

1وراثت پذیری صفت

2 تعداد نشانگر

3 گزارش آماره های کنترل کیفیت نشانگرها

4 اندازه جمعیت مرجع و تایید

5 ساختار جمعیت مرجع و تایید مثلا ساختار خانواده تنی و ناتنی بودن و لاین های هم خون یا نسل های ایجاد شده از تلاقی لاین ها

6  صحت پیش بینی(همبستگی پبرسن بین ارزش های اصلاحی پیش بینی شده و واقعی در شبیه سازی(

7 رگرسیون متغیرهای مشاهده شده و پیش بینی شده برای ارزیابی وضعیت اریب جواب ها

8 نوع متغیر مشاهده شده به عنوان مثال آیا ارزش اصلاحی بوده، میانگین انحراف دحتران و یا فنوتیپ تصحیح شده

9 گزارشی از میزان رابطه خویشاوندی بین افراد جمعیت تایید و مرجع

علاوه بر اینکه معادلات مختلط یا همان GBLUP در ارزیابی ژنومی می‌تواند استفاده شود در کارهای GWAS یا پویش کل ژنوم هم اخیراً به وفور استفاده شده اند. چرا که برای انجام مطالعات پویش ژنومی (GWAS) معمولا به افراد غیر خویشاوند نیاز است اما با توجه به اینکه در جمعیت های دامی به دلیل اندازه جمعیت موثر پایین دسترسی به اینگونه افراد کاملاً غیر خویشاوند غیر ممکن بوده  و در هر صورت بین افرادی که وارد مطالعه می شوند روابط خویشاوندی وجود دارد. لذا از مدل های مختلط که بطور همزمان می توانند یک اثر پلی ژنی را با استفاده از شجره یا منابع دیگر ژنومی وارد مدل کنند تا این روابط خویشاوندی و یا ناهمنگی جمعیتی را خنثی کنند استفاده می‌شود. در این زمینه به دو مقاله ویشر که در منابع این گزارش آمده است رجوع شود.  مزایای استفاده از معادلات مختلط به شرح زیر است:

برای مطالعه ادامه مطلب بر روی لینک ادامه مطلب کلیک کنید:

فایل پی دی اف مطلب



ادامه مطلب
نوشته شده توسط رستم عبداللهی  | لینک ثابت |

کارگاهی پر محتوا در زمینه Next Generation Sequencing  توسط پژوهشگران جوان در رشته بیوانفورماتیک توسط آزمایشگاه تخصصی OMICS با همکاری انجمن ژنتیک ایران و شبکه پزشکی مولکولی ایران برگزار می شود. بنده پیشنهاد میکنم کسانی که به کارهای ژنومیک و فرا ژنومیک علاقه مند هستند این فرصت را از دست ندهند. انشاالله که دست اندرکاران و مدرسان این کارگاه کمک کنند تا شرکت کنندگان با دستی پر به خانه برگردند.

کارگاه آموزشی

Next Generation Sequencing: The Basic Principles and Data Analysis of RNASeq

تاریخ برگزاری: 26 تا 28 فروردین 1393

برنامه کارگاه

پوستر کارگاه

فرم ثبت نام

از علاقمندان محترم برای ثبت نام و شرکت در این کارگاه دعوت به عمل می آید.

برای اطلاعات بیشتر لینک های زیر را دنبال کنید.

http://www.genetics.ir/Pages/News.aspx?cid=1&nid=79


http://geneticz.persiangig.com/document/NGSPoster.pdf/download



نوشته شده توسط رستم عبداللهی  | لینک ثابت |

سال نو همه مبارک باشه. انشالله که سالی پر از خیر و برکت پیش رو داشته باشید. مدتی بود که همیشه فکرم درگیر این بود که برای این ماه چه مطلبی را آماده کنم. اگر چه خودم دارم مطلبی راجع به مطالعات انتخاب ژنومیک آماده میکنم آقای حمیدرضا امینی زحمت کشیدند و در ارتباط با انتقال ژن از طریق بیضه مطلبی را تهیه کنند که در ادامه می تولنید آن را دنبال کنید:

مهمترین دستاورد دانش مهندسی ژنتیک در طی سه دهه اخیر کسب توانمندی در زمینه ایجاد تغییرات و اصلاحات ژنتیکی در ساختار ژنومی یک موجود بوده است (پریز و همکاران، 2012). توانایی تغییر آرایش ژنتیکی یک گونه می­تواند بعنوان راهکاری برای حل مشکلات بشری از کمبود جهانی غذا تا نیاز به داروهای حیات بخش و حتی نیاز به اندامهای قابل پیوند به انسان به شمار آید. در این راستا حیوانات مزرعه­ ای به عنوان یک رهیافت منحصر به فرد جهت تولید پروتئین­های دارویی، ایجاد اندام­های قابل پیوند به انسان (Xenotransplantation)، و همچنین گسترش لاین­های تراریخت با تولید بالاتر، قابلیت استفاده بهینه از مواد مغذی و نیز مقاومت به بیماری­هایی نظیر ورم پستان، جنون گاوی و ... به شدت مورد توجه دانشمندان بوده است. 

در انتقال ژن دو مرحله اساسی وجود دارد، مرحله اول، فراهم نمودن روشی است که بتوان اطلاعات ژنتیکی را از فضای خارج سلولی و نیز غشای پلاسمایی عبور داده و به هسته سلول رساند و مرحله دوم، آماده سازی شرایطی است که اطلاعات ژنتیکی جدید به عنوان بخشی از ژنوم میزبان پذیرفته شود، در حال حاضر، بخش اعظم تحقیقات، مربوط به شناخت روش­های جدید برای عبور ترانس­ژن از موانع موجود در سلول و رسانیدن آن به هسته است (اسکوفری و همکاران، 2010). بر همین اساس روش­های مختلفی برای ایجاد حیوانات تراریخت پیشنهاد شده است، به طور کلي تکنيک‌هاي مورد استفاده براي ايجاد حيوانات تراریخت شامل تزریق در پیش هسته سلول تخم قبل از مرحله ممزوج شدن پیش هسته سلول­های نر و ماده (PNM)، انتقال هسته سلول­های بدنی (SCNT)، انتقال از طریق ویروس­ها (VI)، انتقال از طریق سلول­های بنیادی جنینی (ESGT)، انتقال از طریق ترانسفکشن سلول­های بلاستودرم جنینی تخم مرغ و با استفاده از روش In Ovo Injection، انتقال از طریق اسپرم (SMGT) و انتقال از طریق بیضه (TMGT) می­باشد، که قصد داریم جزئیات هر روش را در این پست و پست­های آتی توضیح دهیم.

از طرفی در پست­های آتی، بحث را در رابطه با نگرانی­های اجتماعی و اخلاقی پذیرش محصولات تراریخت در جامعه و اینکه آیا تاکنون از لحاظ علمی و در عمل استفاده از این محصولات سلامتی و آسایش انسان و یا حتی خود موجود مورد استفاده را تحت تاثیر قرار داده است یا خیر، بسط داده و تاریخچه ­ای از زمان پیدایش این نگرانی­ها و پاسخ­های ممکن به آن ارائه دهیم که بیشتر این پاسخ­ها به مرحله دوم انتقال ژن، یعنی آماده سازی شرایطی که اطلاعات ژنتیکی جدید به عنوان بخشی از ژنوم میزبان پذیرفته شود، مربوط می­شود که در آن با تکنیک­هایی نظیر Zinc Finger Nuclease (دکلور و همکاران، 2010)، TALENs (ساندر و همکاران، 2011) و CRISPR/Cas (گاج و همکاران، 2013)، که اتصال هدفمند ترانس­ژن به داخل ژنوم میزبان را باعث می­شوند، آشنا می­شویم، که انشالله در آینده در هر پست به صورت مجزا درباره هر یک از این تکنیک­های اتصال هدفمند به داخل ژنوم به طور کامل توضیح خواهیم داد.

در یکی از پست­های قبلی راجع به انتقال ژن از طریق اسپرم توضیح داده شد. لذا این پست را به روش انتقال ژن از طریق بیضه اختصاص می­دهیم. قبل از وارد شدن به بحث انتقال ژن از طریق بیضه، ضرورت ایجاب می­ کند که به دلیل اینکه بیشتر مخاطبین این وبلاگ دانشجویان ژنتیک و اصلاح دام هستند، در ابتدا توضیح مختصری از عملکرد طبیعی و آناتومی بیضه داشته و سپس به بحث انتقال ژن از طریق بیضه، روش­ها و اصطلاحات موجود در این زمینه می­ پردازیم.

برای دنبال کردن مطلب بر روی ادامه مطلب کلیک کنید:


فایل پی دی اف را از طریق لینک زیر دانلود کنید:

انتقال ژن از طریق بیضه


ادامه مطلب
نوشته شده توسط رستم عبداللهی  | لینک ثابت |

یکی از  دانشجویان پرتلاش کارشناسی ارشد آقای حمزه حق شناس مطالب سمینار ارشدشون باعنوان تاریخچه علم اصلاح نژاد در جهان و ایران با راهنمایی دکتر نجاتی را برای بنده ارسال کردند تا در اختیار شما قرار دهم. ایشان بعد از گردآوری و تدوین مطالب با مشورت هایی که با استاد راهنمای خود کرده بود تصمیم گرفت مطالب ارزشمندی که جمع آوری کرده بود را به طریقی به اطلاع جامعه اصلاح نژاد کشور برساند. خدا را شکر با توصیه استاد راهنمای خود، وبلاگ بنده را برای دستیابی شما به حاصل دسترنج خود انتخاب کردند. قطعا برای کسانی که به هر طریقی با اصلاح نژاد دام و ژنتیک کمی سرو کار دارند این مطالب جالب خواهند بود. لطفا چنانچه از مطالب این سمینار در هر جایی استفاده کردید به نام و آدرس تهیه کنندگان ارجاع دهید.

این سمینار مرور جامعی از علم اصلاح نژاد و تکامل آن را می دهد و تهیه کننده سمینار چکیده آن را به صورت زیر بیان کرده است:

انسانها همیشه از گذشته درس گرفته و بر اساس آن آینده خود را برنامه ریزي کرده اند. یک مثال ساده
پایان نامه ها و تزهاي دکتري است که در دانشگاه ها انجام می دهند، در اول نگاهی به گذشته و پایان نامه هاي انجام شده در آن زمینه می شود و بر اساس آن براي کار خود، نحوه انجام، انتظارات و ... تصمیم می گیرند. در واقع با استفاده از کارهاي گذشته، براي کارهاي آینده تصمیم می گیرند. بررسی و نگارش تاریخ هر علمی نیز
میتواند به چشم اندازها و دیدگاه هاي آینده آن علم کمک کند. در این نگارش کلیاتی از علم اصلاح نژاد دام،
تغییر و تحولات آن از گذشته تا حال و رویکردهاي آینده این علم، جمع آوري شده است. همانطور که می-
دانید اصلاح نژاد فرایندي است که در هر زمان و مکان متفاوت میباشد.

متن کامل سمینار را از طریق لینک زیر دانلود کنید:

اصلاح نژاد، گذشته، حال و آینده



نوشته شده توسط رستم عبداللهی  | لینک ثابت |

فایل ارائه سخنرانی امروز بنده در مرکز ژنتیک و اصلاح نژاد دام کشور را از طریق لینک زیر میتوانید دانلود کنید. امیدورام که مورد استفاده شما قرار گیرد.

از انتخاب فنوتیپی تا انتخاب ژنومیک

اگر وقت ندارید به طور کامل اسلایدها را مطالعه کنید خلاصه ارائه در زیر آورده شده است:

اهمیت استفاده از فناوری‌های جدید برای تامین احتیاجات غذایی  بشر با سیر صعودی رشد جمعیت بر هیچ کس پوشیده نیست. در این زمینه اصلاح نژاد دام با کمک فناوری های روز دنیا و روش های آماری پیشرفته از دیرباز نقش بسزایی در تولید مواد ژنتیکی مطلوب جامعه و بازار داشته است. انتخاب ژنومی یکی از فناوری‌های جدید است که با ژنوتیپ کردن تعداد صدها تا هزاران نشانگر تک نوکلئوتیدی چندشکل (SNP) پراکنده در سرتاسر ژنوم ارزش اصلاحی ژنومی هر فرد محاسبه می‌شود. نتایج تحقیقات نشان داده‌اند در صنعت گاو شیری انتخاب ژنومی میزان صحت ارزیابی ارزش‌ ‌های اصلاحی را نسبت به میانگین والدین به اندازه 35 درصد برای صفات تولیدی و 25درصد برای صفات تیپ و سلامتی افزایش داده است. از طرفی انتخاب ژنومی فاصله نسل را به نصف کاهش داده و به علت توانایی در ارزیابی تعداد بیشتری دام، میزان پیشرفت ژنتیکی را به سرعت افزایش و 95درصد در هزینه های اصلاح نژادی صرفه جویی می‌کند. با این وجود برای استفاده عملی از انتخاب ژنومی در گونه های دیگر مانند گوسفند، بز، طیور، اسب و ... باید منتظر ماند تا نتایج تحقیقات در این زمینه گزارش شود. قبل از بکارگیری انتخاب ژنومی چندین معیار باید مد نظر قرار بگیرد اولاً شناسایی صفات مهم اقتصادی، تعیین اندازه بهینه جمعیت مرجع، انتخاب استراتژی های تعیین ژنوتیپ مقرون به صرفه، قابلیت کابرد در سطح مزرعه، و میزان هزینه و درآمد حاصل از پیشرفت ژنتیکی در نظر گرفته شوند.


نوشته شده توسط رستم عبداللهی  | لینک ثابت |